Sequenciamento genético em tempo real agiliza identificação de bactérias resistentes a antibióticos

Pesquisa com participação da USP desenvolveu uma nova técnica que complementa o diagnóstico de bactérias resistentes a antibióticos, uma preocupação crescente nos serviços de saúde. Os pesquisadores testaram com sucesso em laboratório uma tecnologia que realiza o sequenciamento genético desses microrganismos em tempo real, enquanto os métodos existentes podem levar horas e até dias para fazer a identificação. Os resultados do estudo foram relatados em artigo publicado na revista científica Nature Communications, no último dia 28 de junho.

De acordo com os pesquisadores, os diagnósticos clínicos atuais, em geral, são baseados em culturas de bactérias. Embora sejam muito úteis para identificar patógenos e resistências, o método atual também é limitado em termos de velocidade, potencialmente enviesado e podendo gerar detecções incompletas.

“Amostras clínicas, como sangue de um paciente ou aspirado endotraqueal [secreção obtida através de traqueostomia], são adicionadas a meios como sangue ou ágar para cultivar qualquer bactéria que cresça nesses meios”, relata Samir Vargas da Fonseca Atum, doutorando em bioquímica no Instituto de Química (IQ) da USP e um dos autores do trabalho. “Só esta etapa pode levar de 16 a 24 horas, para que as bactérias cresçam. Com as colônias formadas, são feitas subculturas para isolar espécies únicas, identificadas com a técnica de espectrometria de massa. Isso prolonga ainda mais o cronograma do diagnóstico”, diz.

A espectrometria usa um equipamento que detecta espécies por meio da quantificação de sua massa. “Essas abordagens podem ainda deixar de lado bactérias não cultiváveis ou difíceis de cultivar, criando o chamado ‘viés de cultura’. A suscetibilidade das bactérias aos antibióticos é então tipicamente avaliada usando métodos como VITEK2, onde as bactérias são expostas a vários antibióticos em diferentes concentrações para determinar a concentração inibitória mínima (MIC) que impede o crescimento bacteriano”, explica Fonseca Atum. “Esse processo também pode levar horas ou dias, pois envolve gerar uma suspensão bacteriana da cultura, incubar com antibióticos e, em seguida, avaliar a inibição do crescimento.”

Segundo o pesquisador do IQ, no caso de resistência a carbapenêmicos, uma classe de antibióticos crítica para tratar infecções graves, o VITEK2 pode não detectar certos mecanismos de resistência. “Para resolver isso, ensaios de fluxo lateral com imunocromatografia são usados para detectar carbapenemases, enzimas que quebram antibióticos carbapenêmicos, tornando-os ineficazes”, observa. A imunocromatografia é um teste que faz a detecção em amostras de sangue através da associação com partículas coloridas.

“O tempo de resposta da coleta da amostra, até os resultados finais, pode se estender por até 48 horas ou mais. Isso pode atrasar o tratamento correto de infecções, especialmente ao lidar com organismos multirresistentes, onde a identificação rápida e os ajustes de tratamento são necessários para evitar a deterioração do paciente”, aponta Fonseca Atum. “Além disso, essas abordagens podem ignorar marcadores de resistência raros ou novos, que não são facilmente detectados com testes padrão.”

Fonte: https://jornal.usp.br/ciencias/sequenciamento-genetico-em-tempo-real-agiliza-identificacao-de-bacterias-resistentes-a-antibioticos/